根，
又称“暗部培训部门”，
在原著中，
根部是因得到三代目火影-猿飞日斩的默许而长期存在，
一般情况下，
队员是由团藏直接招募组成，选择的对象是具有特殊能力的人，以及心中有黑暗的人等等，
而进入了根部，成为了所谓“根”之人，那就没有名字、亦无感情，没有过去，无未来，心中只有任务，以黑暗为养料，在背后支撑起木叶村这棵大树……
当然，
为了让根成为了木叶最直接有效的利剑，
根的队员需要接受“消灭自我“的训练，为了守密，也会对他们施加咒印，直至被“根”的意志洗脑，完全成为执行任务的棋子，
而在现在，
因为猿飞日斩独断专行的行事作风，
改变了很多的剧情，连带着根部都受到了极大的影响，团藏更是憋屈难受的想哭。
…………
此时，
木叶村西面，
一处秘密地下区域，这里是根组织的基地；
和暗部不同，根部的驻地一般都在地底下，寓意将树根深深扎进黑暗里；
“该死！真的是该死……”
“猿飞日斩，你就是不可理喻的混蛋和白痴，仗着自己的实力独断专行。”
“二代目火影-千手扉间大人选择你当三代目火影，就是一个极度错误的选择，木叶村将会在你的手中从巅峰跌入低谷。”
“狗日的猿飞日斩，总有一天你会付出血一般的代价的。”
“为什么……为什么二代目不选我当火影。”
“…………”
根部基地的最深处，一个办公室之内；
未来的忍之黑暗-志村团藏正在那里脸色难看的无能狂怒，
砰！！
一道破碎的声音响起，
或许是太过于憋屈和气急败坏，
志村团藏拿起放在桌子上的茶杯就狠狠的摔在了地上，
嗯，
这些年来，
他已经不知道摔坏了多少茶杯了，
一切的始作俑者就是三代目火影-猿飞日斩，
从一开始，
他就拿猿飞日斩当好基友好朋友，自认为两人之间有切割不断的羁绊，
却没有想到猿飞日斩至始至终都拿他当傻子和笨蛋，
特别是在坐上三代目火影之位后，将二代目火影的很多方针政策都废除了，也不针对各大血继限界家族，
反而是开始扶持各大血继限界家族，哪怕是被二代目称之为“邪恶的宇智波一族”都给予了支持，还有就是千手一族，哪怕是化整为零，也不想着针对，彻底扼杀，哪怕根部想暗中用千手一族的一些忍者做实验，看能不能把木遁弄出来，也不被允许。
一句话，猿飞日斩仗着自己是三代目火影，想干什么就干什么，还狂妄自大的养虎为患，根本就不为木叶村的未来着想。
更可气的是，
他们长老团的权利也被压缩的严重，
无论是高层顾问，负责行政部的水户门炎，还是财务部的转寝小春，以及作为根部首领的他，
看似是一人之下万人之上，
号称拥有同等于第三代火影的实力，地位和威望，
实际上呢？
不仅仅实力比不上，地位也相差也大，威望更是不及猿飞日斩的三分之一，还没有多少实权。
作为木叶村的高层，F4之三，他们当的委屈，当的憋屈，当的满肚子火气，恨不得剥夺了猿飞日斩的火影之位，将猿飞日斩狠狠的踩在地上，肆意的嘲讽和糅躏；
而一但有争执，
他们想要举手表决，想要以人数决定对错的时候，
猿飞日斩就干脆利落的翻脸了，使用一票决定权，完全就不给他们三个人任何的面子，
其中有一次，
他们三人联手想要逼猿飞日斩就范，
加入他们木叶高层三人帮，直接就惹恼了猿飞日斩，连暗部都进入了战斗状态，颇有一种一言不合就开展的味道。
使得作为高层之一的志村团藏，转寝小春，水户门炎都怂比了，以至于这些年都憋屈的慌，明明是木叶村的高层，却仿佛生活在三代目火影的阴影下一般，有苦难言。
“我气啊？早知道当初就该勇敢一点儿，表现出敢于牺牲，舍己为人一般的大无畏精神，或许……三代目火影之位轮不到猿飞日斩，绝对是我的……”
不知过了多久，
志村团藏阴晴不定的脸颊上掠过了几缕后悔之色，
一步错，步步错，
就是因为自己的胆怯，
让猿飞日斩得势，成为三代目火影，压制的他们喘不过气来。
当初……在第一次忍界大战末期，金角银角在雷影与火影的结盟仪式上突然掀起政变，二人以六道忍具和九尾查克拉的力量，让第二代雷影和第二代火影受到了濒临死亡的重伤，之后，二代目火影与部下猿飞日斩、水户门炎、转寝小春、志村团藏、秋道取风、宇智波镜一同被大约有20人的金角部队追击，
而为了摆脱追捕，
需要让其中一个人担当诱饵来引诱敌军，以保证其他队友能够有时间顺利逃脱。
就在那个决定火影归属的关键时刻，团藏虽然保持着想要自告奋勇担当诱饵的心念，但在脱口而出的一刹那却因胆怯而没有说出。
结果呢？
猿飞日斩挺身而出，提出让自己担当诱饵。
最终……受伤严重的二代目火影为了木叶隐村的未来而决定亲自担当诱饵，临行前还对猿飞日斩的行为表示极度的赞许，并干脆利落的授命猿飞日斩成为下一代的火影。
后悔……
每每想到这里，
志村团藏的内心就无比的悔恨，
如此当时，
他能主动站出来当诱饵，
或许二代目火影就会让他当三代目火影了，哪里还有猿飞日斩的事情？
然而……志村团藏却不知道，猿飞日斩主动出来当诱饵，二代目火影-千手扉间才下定决定牺牲自己去当诱饵，他如果提出牺牲自己去当诱饵，或许千手扉间会干脆点头同意。
嗯，
那就只有一个后果，
志村团藏-卒，剧情再一次改变。
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